Pengolahan propolis paska panen pun tidak mudah untuk dikerjakan. Memerlukan sebuah eksperimen tertentu sehingga menghasilkan propolis berkualitas tinggi. Lalu, apa yang menjadi ukuran tingginya kualitas dari propolis?. Dilaporkan dalam beberapa penelitian bahwa flavonoid dan polifenol adalah karakter utama propolis yang menjadi dasar kualitasnya. Semakin tinggi kandungan polifenol dan flavonoid, semakin bagus kualitas propolis. Berdasarkan informasi ini, Nurwenda Novan Maulana, M.S selaku wakil direktur RnD Nano Center Indonesia mengembangkan sebuah metode untuk mendapatkan propolis dengan polifenol dan flavonoid tinggi, bebas wax, dengan partikel propolis berukuran nanometer.
Beberapa jenis propolis sudah pernah diujicoba menggunakan metode ini dan menghasilkan propolis yang bersih dari wax atau lilin lebah. Hasil tersebut ditunjukkan dalam sebuah laporan analisis data yang valid dan diukur menggunakan alat dan metode yang sesuai. Kedepannya, diharapkan tidak ada lagi propolis yang beredar dipasaran yang mengandung wax yang bisa mengakibatkan alergi dan juga mungkin mengarah pada kerusakan hati sebagai pusat metabolisme tubuh